חסן נאשם בפרשת החשדות לשחיתות בנמל אשדוד שנחשפה בשנת-2014. לאחר חקירת משטרה הוא הועמד לדין יחד עם אחרים ויוחסו לו עבירות חמורות כמו שוחד וסחיטה באיומים.

כזכור, בית המשפט המחוזי זיכה בקול תרועה את אלון חסן, המדינה לא בלעה את גלולת הזיכוי וערערה לבית המשפט העליון על חלק מפסק הדין, בית המשפט העליון החליט להרשיע את בעבירות של מרמה והפרת אמונים.

התיק הוחזר לבית המשפט המחוזי לשם קביעת העונש.